Las colecciones con las que se cuentan actualmente en el área del Jardín Botánico José Celestino Mutis de Belén de Umbría, en coherencia con el enfoque y las especies determinadas son las siguientes:

Colección etnobotánica:

colección compuesta por plantas que históricamente han sido usadas por pobladores del área de influencia del jardín botánico y que por esta condición tienen un alto grado de interés económico y/o cultural.

Colección ornamental:

Colección compuesta por plantas que cumplen una función estética o paisajística principalmente, considerada la más numerosa, ya que incluye todas las especies de orquídeas y heliconias.

Arboretum:

Colección compuesta por plantas que por su importancia ecológica, en términos de evaluación de su adaptabilidad, crecimiento y funcionalidad, resultan de interés para el jardín botánico. De allí que en este grupo encontremos plantas de diferentes familias en estado arbóreo y arbustivo.

Especies exóticas:

Colección compuesta por plantas que tienen un origen o procedencia externo al territorio colombiano.